周小亮研究领域主要集中于发展经济学和中国经济发展、制度经济学与体制改革等方面。他对新古典经济学的市场理论、消费者选择理论、生产理论、分配理论以及一般均衡理论，进行了较为系统的反思与批判;对西方制度经济学的发展脉络进行了系统梳理，并对其基础理论进行了反思与剖析; 主张促进民生需求的全面满足,确立商品财富、自然财富、知识财富相互协同的三维财富观，力促多维财富的综合质态增长；较为系统地探索了深化体制改革中的利益兼容问题，认为社会主义体制改革的本质特征与要求是通过利益关系的调整来激发劳动积极性，大力发展生产力，从而为实现、维护和发展最广大人民群众的根本利益提供动力与稳定机制；认真研究马克思主义经济理论有关民生问题求解的科学理论，并侧重于社会利益结构优化的角度，深入探讨了和谐社会构建中的体制改革绩效评价问题，创新设计了包括效率、和谐、发展和制度等四维指标的体制改革绩效评价新体系。周小亮出版学术专著6部，在《人民日报（理论版）》《光明日报》《中国社会科学内部文稿》、《经济研究》《经济学动态》《学术月刊》《马克思主义研究》《经济学家》等权威学术期刊发表论文130多篇，近40篇论文被中国人民大学复印资料全文转载。主持国家社会科学基金重点和一般项目四项。参与国家基金项目六项，主持研究了10多项省级科研项目。六项成果获福建省优秀社会科学成果奖。“Feasibility Analysis of Comprehensive Profit Target ”一文获2016年度“21世纪世界政治经济学杰出成果奖。”

在参政议政和社会服务方面，周小亮参与的国家社科基金成果《转换体制改革绩效评价模式优化收入分配》提交给全国人大财经委调研组，供国家决策参考。形成参政议政成果60多篇，其中《对当前经济形势的看法及预判》获时任中央政治局常委、副总理张高丽批示。《大数据助力乡村振兴》《实现供给侧结构性改革新突破》《促进福建自贸试验区成为“制度创新高地”》等智库成果刊发于人民日报、光明日报、福建日报理论版。《关于促进现代农业发展的几点建议》《对当前经济工作的看法与预判》《当前中国经济运行的风险挑战与对策建议》《化解房地产业和银行系统性风险相互传染问题的建议》等成果被中央统战部和民建中央采用。《适应经济新常态促进福建发展的“二十一”字建言》《建立我省绿色GDP考核机制的建议》《推进我省小城镇建设综合改革建设》《关于海西高新技术园发展战略及实施策略的建议》、《 设立多币种产业投资发展基金推进自贸区发展》《 关于促进新闽三角协同发展的政策建议》等十多项成果获省领导肯定性批示。《促进福州海洋高端产业发展政策建议》《建造乌龙江“智慧走廊”，助推福州创新发展》《供给侧改革下促进资本市场发展的建议》《加快推进福建中小企业众筹融资平台建设的政策建议》等成果被《八闽快讯》采用。《我省实现龙头企业带动生态农业发展的几点建议》《升级“数字福建”的原因与对策》《微刺激经济新常态发展的政策建议》《关于促进福建省数字医疗产业发展的建议》等成果被省政协《政协信息》采用。